課程資訊
課程名稱
生物計算學
Biological Computing I 
開課學期
109-1 
授課對象
醫學院  轉譯醫學博士學位學程  
授課教師
詹迺立 
課號
PTMP8012 
課程識別碼
456ED0120 
班次
 
學分
3.0 
全/半年
半年 
必/選修
選修 
上課時間
星期五7,8,9(14:20~17:20) 
上課地點
 
備註
本課程以英語授課。時間:14:00-17:00,地點:Room107,中研院資訊所新大樓
總人數上限:5人 
Ceiba 課程網頁
http://ceiba.ntu.edu.tw/1091PTMP8012_ 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
課程概述

Chair: Dr. Yu Tsao

Outline: The course provides an introduction to the basic computational concepts and methods used in molecular biology and genetics. It covers classic algorithmic techniques (for examples: divide and conquer algorithm, dynamic programming …), data structures (e.g. queue, tree…), and common computational problems in biology (such as motif finding, sequence alignment …). In addition, Bioinformatics approaches for next generation sequencing and the most up-to-date technology will be addressed as well. 

課程目標
Aim: The aim of the course is to link issues in computer science to biology and thus capture the interest of students in both areas. It is expected that students will acquire and retain important knowledge about computational biology 
課程要求
Midterm exam 50%. Final exam 50%. 
預期每週課後學習時數
 
Office Hours
 
指定閱讀
待補 
參考書目
待補 
評量方式
(僅供參考)
   
課程進度
週次
日期
單元主題
第1週
9/18  Analysis of Algorithms 
第2週
9/25  Recurrence 
第3週
09/30  Introduction to Data Structure (I) 
第4週
10/07  Introduction to Data Structure (II) 
第5週
10/16  Algorithmic Techniques 
第6週
10/23  Sequence Alignment (I) 
第7週
10/30  Introduction to Data Mining 
第8週
11/06  Review Week (no class) 
第9週
11/13  Midterm Exam 
第10週
11/20  The Analysis of Next Generation Sequencing Data (II) 
第11週
11/27  Protein structure prediction 
第12週
12/04  Fundamentals of Molecular Evolution and Phylogenetic Tree Construction 
第13週
12/11  Databases : An Overview 
第14週
12/18  SVM 
第15週
12/25  Review Week (no class) 
第16週
1/01  Holiday off 
第17週
1/04  Final Exam 
第10-1週
11/18  The Analysis of Next Generation Sequencing Data (I) 
第11-1週
11/25  Computational Proteomics